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 | Metagenomic analysis of the human gut microbiome in Inflammatory Bowel Disease
Penas Steinhardt, Alberto
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Metagenomic analysis of the human gut microbiome in Inflammatory Bowel Disease / Penas Steinhardt, Alberto. [s.l.] : [s.n.], 2020-09-10. 1 pagina. | Registro del documento | | Título: | Metagenomic analysis of the human gut microbiome in Inflammatory Bowel Disease | | Autor(es): | Penas Steinhardt, Alberto | | Descripción: | Fil: Penas Steinhardt, Alberto. Instituto Universitario de Ciencias de la Salud – Fundación Barceló. Secretaria de Ciencia y Tecnologia; Argentina. | | Resumen: | Gut microbiota is implicated in many human disorders. Ulcerative colitis (UC) is a chronic inflammatory bowel disease. Although the specific cause is unknown, some genetic and environmental factors have been defined. The purpose of this study was to investigate whether there were differences in gut microbiota in Argentine UC patients vs non-UC controls. In this sense, 23 UC patients and 27 non-UC healthy controls matched by sex, age and BMI were included. DNA extraction was performed from 200mg of feces using Power Fecal DNA Isolation Kit (Qiagen).The hypervariable regions V3-V4 of the bacterial 16S gene was sequenced using MiSeq-Illumina system. Sequences generated were analyzed using quantitative insights into microbial ecology (QIIME) version 1.9.1 software package. To compare taxa relative abundance between groups, we performed linear discriminant analysis (LDA) effect implemented in LEfSe. Alfa diversity did not differ between CU patients and non-CU controls. However, we found that CU patients differ from non-CU controls in the observed community structure. In CU patients, the dominant phyla were Bacteroidetes (43.49±20.18%), Firmicutes (48.94±18.61%), Proteobacteria (4.13±7.12%), Actinobacteria (2.12±1.97%) and Verrucomicrobia (0.38±1.01%) while the principal phyla found in Controls were Bacteroidetes (60.06±13.540%), Firmicutes (32.82±13.51%), Proteobacteria (4.27±3.32%), Verrucomicrobia (1.45±3.18%) and Actinobacteria (0.81±1.46%).The linear discriminant analysis (LDA) effect size (LEfSe) method revealed that the genus Bacteroides and Akkermansia were higher in non-CU control and Bifidobacterium, Eubacterium, Lactobacillus, Collinsella, Peptostreptococcus, Actinomyces, Streptococcus, Slackia and Dialister in CU patients (p < 0.05, LDA score > 2). | | Descriptores: | | | Fecha: | 2020-09-10 | | Formato: | application/pdf | | Extensión: | 1 pagina | | Idioma: | eng | | Lugar: | 7006287, Buenos Aires (inhabited place) | | Sede: | Buenos Aires | | Carrera: | MEDICINA | | Notas: | Proyecto de investigación |
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| | Metagenómica en enfermedades inflamatorias intestinales crónicas.
Penas Steinhardt, Alberto
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Metagenómica en enfermedades inflamatorias intestinales crónicas. / Penas Steinhardt, Alberto. [s.l.] : [s.n.], 2020-10-14. 22 paginas. | Registro del documento | | Título: | Metagenómica en enfermedades inflamatorias intestinales crónicas. | | Autor(es): | Penas Steinhardt, Alberto | | Descripción: | Fil: Penas Steinhardt, Alberto. Instituto Universitario de Ciencias de la Salud – Fundación Barceló. Secretaria de Ciencia y Tecnologia; Argentina. | | Resumen: | La microbiota intestinal está implicada en diversas patologias humanas. La colitis ulcerosa (CU) es una enfermedad inflamatoria intestinal crónica. Aunque se desconoce la causa específica, se han definido algunos factores genéticos y ambientales. El propósito de este estudio fue investigar si había diferencias en la microbiota intestinal en pacientes argentinos con CU versus controles sin UC. En este sentido, se incluyeron 23 pacientes con CU y 27 controles sanos sin CU, emparejados por sexo, edad e IMC. La extracción de ADN se realizó a partir de 200 mg de heces usando el kit PowerFecalDNAIsolation (Qiagen). Las regiones hipervariables V3-V4 del gen bacteriano 16S se secuenciaron usando el sistema MiSeq-Illumina. Las secuencias generadas se analizaron utilizando el conocimiento cuantitativo de la ecología microbiana (QIIME) versión 1.9.1 del paquete de software. Para comparar la abundancia relativa de taxones entre grupos, realizamos un efecto de análisis discriminante lineal (LDA) implementado en LEfSe. La diversidad alfa no difirió entre los pacientes con CU y los controles sin CU. Sin embargo, encontramos que los pacientes con CU difieren de los controles sin CU en la estructura comunitaria observada. En pacientes con CU, los filamentos dominantes fueron Bacteroidetes (43.49 ± 20.18%), Firmicutes (48.94 ± 18.61%), Proteobacterias (4.13 ± 7.12%), Actinobacterias (2.12 ± 1.97%) y Verrucomicrobia (0.38 ± 1.01%), mientras que las principales Los phyla encontrados en los controles fueron Bacteroidetes (60.06 ± 13.540%), Firmicutes (32.82 ± 13.51%), Proteobacterias (4.27 ± 3.32%), Verrucomicrobia (1.45 ± 3.18%) y Actinobacterias (0.81 ± 1.46%). El análisis discriminante lineal ( El método de tamaño del efecto LDA (LEfSe) reveló que los géneros Bacteroides y Akkermansia fueron más altos en el control sin CU y Bifidobacterium, Eubacterium, Lactobacillus, Collinsella, Peptostreptococcus, Actinomyces, Streptococcus, Slackia y Dialister en pacientes con CU (p <0.05, puntaje LDA > 2). Nuestros resultados demostraron que había diferencias en la microbiota intestinal en pacientes con CU. Estos hallazgos podrían proporcionar las bases para comprender mejor la relación causa-efecto entre comunidades microbianas y CU en la población argentina. | | Descriptores: | | | Contribuidores: | Frechtel, Gustavo D. | | Fecha: | 2020-10-14 | | Formato: | application/pdf | | Extensión: | 22 paginas | | Idioma: | spa | | Lugar: | 7006287, Buenos Aires (inhabited place) | | Sede: | Buenos Aires | | Carrera: | MEDICINA | | Notas: | Trabajo de investigación publicado |
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